Urząd Skarbowy powinien wydać decyzję w przedmiocie wykreślenia podatnika z rejestru VAT. Podatnikowi przysługuje odwołanie.

Zgodnie z art. 96 ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej zwaną ustawą o VAT) jeżeli podatnik zarejestrowany jako podatnik VAT zaprzestał wykonywania czynności podlegającej opodatkowaniu, jest on obowiązany zgłosić zaprzestanie działalności naczelnikowi urzędu skarbowego; zgłoszenie to stanowi dla naczelnika urzędu skarbowego podstawę do wykreślenia podatnika z rejestru jako podatnika VAT.

W przypadku gdy zaprzestanie wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu nie zostało zgłoszone w powyższy sposób, naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu podatnika z rejestru jako podatnika VAT (art. 96 ust. 8 ustawy o VAT). Sformułowanie „wykreśla z urzędu” oznacza, iż naczelnik działa samodzielnie, bez zgłoszenia czy wniosku podatnika. Ponadto naczelnik urzędu skarbowego wykreśla podatnika z rejestru jako podatnika VAT bez konieczności zawiadamiania o tym podatnika, jeżeli podatnik nie istnieje lub mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem albo jego pełnomocnikiem, lub dane podane w zgłoszeniu rejestracyjnym okażą się niezgodne z prawdą, lub podatnik albo jego pełnomocnik nie stawia się na wezwania naczelnika urzędu skarbowego, naczelnika urzędu celno-skarbowego, dyrektora izby administracji skarbowej lub Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Nie są to jedyne przypadki określone przepisami, w których naczelnik urzędu skarbowego dysponuje uprawnieniem do wykreślenia podatnika z rejestru VAT.

W praktyce naczelników przyjęło się, że wykreślenie jest czynnością techniczną i nie wymaga wydania decyzji. Z takim postępowaniem nie zgodzili się jednak podatnicy. W wyniku wniesionego odwołania Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 8 czerwca 2016 r., sygn. akt I FSK 293/15 orzekł, że wykreślenie podatnika z rejestru VAT to ingerencja w sferę jego uprawnień i powinno zostać dokonane w formie decyzji organu podatkowego i doręczone w trybie przewidzianym przez przepisy Ordynacji podatkowej. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 22 marca 2017 r., sygn. akt VIII SA/Wa 638/16 wskazał, że wykreślenie podatnika z rejestru VAT powinno nastąpić w formie decyzji, jeżeli dotyczy praw i obowiązków istniejącego podatnika, z którym kontakt jest możliwy, a także wówczas, gdy zasadność podjęcia tego rozstrzygnięcia jest przedmiotem sporu pomiędzy podatnikiem i organem podatkowym.

Nie sposób nie zgodzić się z ocenami wyrażonymi przez wskazane sądy. Konsekwencje wykreślenia z rejestru VAT czy VAT UE mogą być dla podatnika doniosłe, a nawet spowodować jego upadłość z powodu utraty wiarygodności w oczach partnerów biznesowych. Wykreślenie nie powinno być zatem nadużywane. Nie powinno być też wątpliwości co do nieistnienia podatnika, niemożności skontaktowania się z podatnikiem czy w końcu nieprawdziwości danych niezgodnych z prawdą.